企业作为法人股东转让股权时，应当根据《企业所得税法》的规定及时到税务机关办理完税手续，一些地方的市场监督管理部门甚至以税务机关的完税作为工商登记的前置条件。这里应当注意的是，企业作为受让方受让股权时，在支付股权转让对价款时，对转让方的所得税负有代扣代缴义务。

1、股权转让收入的确认及所得计算。

根据2010年2月22日国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函【2010】79号）规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效，且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

2、通过股权收购股权的特殊税务处理。

根据财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税【2009】59号）规定，企业在进行股权收购时，如果同时符合下面规定的条件，则可以适用特殊性税务处理规定：

（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；

（2）被收购、合并或分立部分的股权比例：收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的30%；

（3）企业重组后的连续12个月不改变重组资产原来的实质性经营活动

（4）重组交易对价中涉及股权支付金额的比例：收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。

（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

特殊税务处理的方式：

（1）被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。

（2）收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。

（3）收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。

3、通过资产收购取得股权的特殊处理。

以股权作为收购资产的支付对价的，根据上述59号规定，在满足上述同样条件的情况下，适用下面的特殊性税务处理：

（1）转让企业取得受让企业股权的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。

（2）受让企业取得股权转让企业资产的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。

4、通过债务重组取得股权的特殊事务处理。

根据上述59号文规定，在满足上述同样条件的情况下，对于通过债务重组方式取得的股权（通常为债转股），适用下面的特殊性税务处理：

企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入该年度的应纳税所得额。企业发生债权转股权业务，对债务清偿和股权投资两项业务均不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。企业的其他相关所得税事项保持不变。

5、适用税率。

企业转让股权适用的税率主要分为以下四种情况：

（1）普通的居民企业按照25%的税率征收企业所得税

（2）符合条件的小型微利企业，按20%的税率征收企业所得税

（3）国家需要重点扶持的高新技术企业，按15%的税率征收企业所得税；

（4）非居民企业按照20%的税率征收企业所得税。